Юрий Исаков автор более 400 научных работ, в числе которых 23 монографии, 8 учебников и учебных пособий. В течение 20 лет он возглавлял бюро межведомственного научного совета по детской хирургии Минздрава России и РАМН. Также ученый был организатором Российской ассоциации детских хирургов, председателем президиума которой он был в течение 22 лет.
Профессор занимался новаторскими направлениями развития детской хирургии. Благодаря его самоотверженному труду в практическую медицину было внедрено множество инновационных методов лечения. Юрий Исаков внес неоценимый вклад в совершенствование эндоскопической детской хирургии в стране, уделяя особое внимание врожденным и приобретенным заболеваниям костей и суставов, что подразумевало применение электростимуляции и так далее.
Минздрав России искренне скорбит вместе с учениками профессора, его коллегами, родными и близкими. Светлая память Юрию Исакову.